本中心的管理，根据教育部《高等学校实验室工作规程》和《济南大学实验室工作规程》相关规定进行。为加强实验室运行管理工作，构建实验室运行保障体系，有效防范和遏制各类实验室安全事故发生，保证实验教学及科学研究工作安全进行。本中心实行校院两级管理体制下的中心主任负责制，学校任命中心主任1人，在学校和学院领导下，中心主任全面负责中心建设管理工作和实验教学工作，负责制定中心整体发展规划和阶段性的建设目标，负责组织申报实验室建设项目。学校提供正常运转、维修及更新改造经费。

实验教学中心设立学术委员会，由省内外知名专家学者5人组成，负责指导中心的发展和建设。中心设立实验教学指导委员会，由中心聘请教学、科研及工程经验丰富的教授、副教授及企业高级工程技术人员等担任成员。实验教学中心设主任1人、副主任5人，中心下设16个实验教学组，开展经常性的虚拟仿真实验教学研讨活动，交流教学经验，探讨教学中的问题和不足，加强课程建设、教材建设和实践基地建设。

本实验中心除了为全校实验教学、创新实验、课程设计、毕业论文和毕业设计等正常的虚拟仿真实验教学外，所属的仪器设备、软件还为大学生课外科技活动、国家与省化学实验竞赛、国家与省化工设计大赛、大学生挑战杯、创新创业活动等，面向校内外全面开放。